Неапольский археологический музей был возведен в 1615 году. Затем более сотни лет здесь располагался Неапольский университет. В дальнейшем здание подверглось реконструкции и перепланировке и в нем разместились Королевская библиотека, а также музей Бурбонов.

К началу 19 века музей пополнился коллекцией семьи Фарнезе. Затем в музее появились экспонаты из раскопок города Помпеи и других древних городов, расположенных у подножия вулкана Везувий – Геркуланума и Стабии.

Национальным музей стал в 1860 году, став собственностью государства.

К середине 20 века в музее была собрана картинная галерея, позднее перенесенная в галерею Каподимонте. После этого музей получил приставку к названию - «археологический», так как в экспозиции остались древние артефакты. Особого внимания заслуживает собрание египетских древностей. В его основе – частные коллекции Стефано Борджиа и Джузеппе Пикьянти.

Выставка дополнена находками из города Помпеи, а также экспонатами, переданными музею немецким путешественником Шнарсом. Любопытное собрание выставлено в так называемом Секретном кабинете.

Основанный в 1819 году, секретный кабинет наполнен экспонатами фривольного, эротического содержания – это фрески, плиты с надписями и другие предметы. Окончательно открыт для всеобщего обозрения в 2000 году.